1962 in Greifswald geboren, studierte Gunter Berger zunächst Schulmusik an der Hochschule für Musik "Franz Liszt" Weimar. Anschließend nahm er an einem "Wiener Meisterkurs" im Internationalen Wiener Musikseminar teil und absolvierte ein Zusatz-Studium im Fach Orchesterdirigieren an der Hochschule für Musik "Felix Mendelssohn Bartholdy" in Leipzig. Nach dem Studium begann er seine Tätigkeit als Musikpädagoge und Chorleiter in Leipzig.

Seit 1990 ist Gunter Berger Dirigent des MDR Kinderchores (bis 1992 Rundfunk-Kinderchor Leipzig), der unter seiner künstlerischen Leitung in vielen chorsinfonischen Werken mitwirkte, so in Orffs Carmina burana, Mahlers 3. Sinfonie, Bachs Matthäuspassion sowie Xenakis’ Polla ta dina. Regelmäßig finden Chorkonzerte im Sendegebiet des Mitteldeutschen Rundfunks statt.

Das Niveau des Chores wird zudem durch zahlreiche Rundfunk- und Fernsehaufzeichnungen sowie durch CD-Produktionen dokumentiert.

Gunter Berger übernahm auch Einstudierungen bei anderen Chören (zum Beispiel beim Gewandhauschor Leipzig) und übt seit 1992 eine Dozententätigkeit im Rahmen verschiedener Chorseminare im In- und Ausland aus. Seit 1997 ist er darüber hinaus Gastdozent an der Bundesakademie für musikalische Jugendbildung in Trossingen.

Gunter Berger erhielt 1999 einen Lehrauftrag an der Hochschule für Musik und Theater in Leipzig und unterrichtet seit 2004 Chorleitung an der Leipziger Universität. 2006 erhielt er hier eine Professur für Chorleitung.