Die Thomaskirche Leipzig ist eng mit dem Namen Johann Sebastian Bach und dem Thomanerchor verbunden, dessen Hauptwirkungsstätte sie ist.

Die heutige Thomaskirche Leipzig steht auf den Grundmauern des 1212 von Markgraf Dietrich gestifteten Augustiner-Chorherrenstifts. Im Jahre 1355 wurde der romanische Chorraum gotisch umgestaltet. 1482 wurde das romanische Schiff abgerissen und dafür die bis heute erhaltene spätgotische Hallenkirche errichtet.

Von 1884-89 wurde die Kirche renoviert, die Ausstattung aus der Barockzeit entfernt und die Kirche in neugotischen Stil wieder hergestellt. In dieser Zeit erhielt die Kirche auch das aufgesetzte Hauptportal an der Westfront.

Während der Renovierung von 1961-64 wurde die Wirkung als spätgotische Hallenkirche stärker betont. Zuletzt wurde die Thomaskirche Leipzig nach der Wende renoviert. Zum Bachfest 2000 waren diese Arbeiten abgeschlossen.